分子蒸餾的四個步驟如下。

1.分子從液相主體擴散到蒸發面；

2.從蒸發面(加熱面)自由蒸發分子；

3.分子從蒸發面向冷凝面噴射。在噴射過程中，它們可能與剩余的空氣分子發生碰撞或相互碰撞。但是，只要有適當的真空度，蒸發分子的平均自由度范圍大于或等于兩側（蒸發面和冷凝面）之間的距離，提高真空度過高是沒有意義的；

4.分子在冷凝面上冷凝，冷凝面形狀合理光滑，從而完成物質分子的分離提取。

分子蒸餾的特點。

1.分子蒸餾的工作溫度遠低于材料的沸點：在分子蒸餾過程中，由于不同類型分子逃逸液體表面的平均自由度不同，分子蒸餾的分離不需要沸騰，因此分子蒸餾的操作溫度遠低于沸點。這與傳統的蒸餾有本質上的不同。

2.蒸餾壓力低：分子蒸餾可以在非常低的壓力下進行，一般為10-1pa數量級。

3.加熱時間短：分子蒸餾裝置要求加熱液位與冷凝表面之間的距離小于或等于輕分子的平均自由范圍，使從液位逃逸的輕分子在幾乎沒有碰撞的情況下到達冷凝表面，因此加熱時間很短。與真空分子蒸餾相比，在真空蒸餾條件下分離的物質需要加熱1小時，而分子蒸餾只需要10秒以上。